História Administrativa: Em 30 de janeiro de 1884, Marcos de Oliveira Arruda foi nomeado pelo Barão de Guajará Domingos Antonio Raiol, em caráter interino, para o cargo de Inspetor de Higiene da Província de São Paulo, sem remuneração e nem mesmo sede ou funcionários, sendo o local de trabalho o próprio consultório, na rua Direita nº 25. O Decreto n. 9.554, de 03 de fevereiro de 1886, que reorganiza o Serviço Sanitário do Império, determinou a criação de Inspetorias de Higiene nas províncias (compostas de 1 Inspetor de Higiene, 2 membros da Inspetoria, 1 Secretário e Delegados de Higiene nas cidades e vilas mais importantes) subordinadas à Inspetoria Geral de Higiene, com sede no Rio de Janeiro. o envio de inspetores sanitários para as províncias. Essa reforma estabeleceu que a província de São Paulo deveria ser sede de uma Inspetoria de Higiene, subordinada à Inspetoria Geral de Higiene, com sede no Rio de Janeiro, composta por um inspetor e por dois médicos. A Inspetoria, primeira estrutura de saúde pública de São Paulo, foi instalada em 11 de março do mesmo ano, tendo como chefe o referido Marcos de Oliveira Arruda e dois auxiliares: Eulálio da Costa Carvalho e Nestor Carvalho. Eulálio da Costa Carvalho foi demitido em seguida, assumindo o seu lugar Nicolau Barbosa Gama Cerqueira. As atividades da Inspetoria ficaram divididas da seguinte maneira: Marcos Arruda era o supervisor sanitário de todo o estado, responsável pela estatística demógrafo-sanitária e pela fiscalização do exercício da medicina e da farmácia e, os dois auxiliares ficaram responsáveis pelo policiamento sanitário, sendo a capital dividida em dois distritos (Mascarenhas, 1949). Havia ainda dois delegados de saúde, um em Campinas e outro em Santos. A saúde pública passa oficialmente a ser considerada uma área de interesse e preocupação do Império. Nessa época, São Paulo sofreu duas das mais temidas epidemias: a febre amarela e a varíola. Na sua gestão, Marcos Arruda propôs um projeto de posturas municipais que incluía a criação do Instituto Municipal Vacinogênico, instituído em 1887. Em 1888, Marcos Arruda tirou licença para tratamento de saúde e seguiu para a Europa, sendo substituído por Nestor Freire de Carvalho, designado interinamente para o cargo de Inspetor de Higiene e permanecendo em exercício até 20 de agosto de 1889, quando foi nomeado para o cargo, tomando posse em 21 de agosto do corrente, Sérgio Florentino de Paiva Meira. À frente da Inspetoria de Higiene Sérgio Meira criou vários serviços como o Instituto Vacinogênico, o Laboratório de Análises Químicas, o Laboratório de Bacteriologia e o Laboratório Farmacêutico, permanecendo no cargo até 21 de março de 1893. Em 1891, após a proclamação da República e a promulgação da constituição brasileira, a responsabilidade administrativa, na maioria das áreas, entre elas a da saúde pública, é transferida gradualmente às autoridades estaduais, através do decreto n. 438, de 11 de julho de 1891, conforme elas se organizassem. No campo da higiene, o governo nacional ficou apenas com o controle dos portos. A Inspetoria Geral de Higiene foi extinta por decreto em 17 de dezembro de 1892, que também desligou da administração federal as Inspetorias de Higiene das províncias, iniciando-se, a partir de então, a estadualização dos serviços de saúde pública. O regime republicano em São Paulo agiu rapidamente para formular a política sanitária do Estado. As Leis Estaduais n. 12, de 28 de outubro de 1891 e n. 43, de 18 de julho de 1892, regulamentada pelo decreto n. 87, de 29 de julho de 1892, estabeleceram o Serviço Sanitário de São Paulo que substituiu a antiga Inspetoria.

História arquivística: Documentos possuíam listagem por amostragem feitas em 1999 e 2014. Os ofícios e as correspondências manuscritas possuem transcrição datilografada anexa ao original (A documentação manuscrita em quase sua totalidade possui transcrição datilografada anexa ao original). Em 2025 a documentação foi descrita e organizada de acordo com o quadro de arranjo estabelecido.