História administrativa: o Museu de Saúde Pública Emílio Ribas (MUSPER) foi concebido originalmente pelo Decreto n.º 44.572, de 22 de fevereiro de 1965, a ser instalado no Hospital de Isolamento “Emílio Ribas”, como homenagem ao médico Emílio Ribas, no local onde ele teria desenvolvido suas experiências sobre a transmissão da febre amarela, subordinado ao Departamento de Saúde do Estado de São Paulo. O museu recolheria o que recordasse a figura ímpar do médico sanitarista. Em 1969, um novo decreto, de 29 de outubro, revoga o anterior e dispõe sobre a criação do Museu Histórico “Emílio Ribas” com as mesmas características e local. Ficaria a cargo da Secretaria do Estado de Saúde instalar o museu e recolher o acervo referente à vida e à obra de Emílio Ribas, inclusive doações, em espécie ou em recursos financeiros. Em 1975, a proposta ainda não havia saído do papel, quando José Antônio Alves dos Santos, assessor técnico da Secretaria de Estado da Saúde, sugeriu ao então Secretário de Saúde Walter Leser, a instalação do Museu no prédio situado na Rua Tenente Pena, 100, antigo prédio do Desinfectório Central, local onde Emílio Ribas iniciou carreira como inspetor sanitário.
José Antônio Alves dos Santos foi o grande responsável pela instalação do museu e pelo recolhimento de documentos para compor o acervo da instituição naquele momento. O acervo, na época, já era composto por objetos, móveis, viaturas e documentos diversos, doados pela Família Ribas e por diversos órgãos da Secretaria de Saúde.
Em 1979, são concluídas obras de reparo e conservação no edifício onde o museu seria instalado. Neste ano, um novo decreto altera seu nome de Museu Histórico “Emílio Ribas” para Museu de Saúde Pública Emílio Ribas, ampliando seu escopo de atuação e o acervo a ser preservado, de memorial em homenagem ao Emílio Ribas para um centro de preservação da memória da saúde pública paulista. Vincula-se institucionalmente ao Gabinete da SES.
O MUSPER, ao longo do tempo, acompanhou as diversas transformações na estrutura da Secretaria de Estado da Saúde.
Em 11 de setembro de 1984, por meio do Decreto n.° 22.684, o MUSPER passou a subordinar-se diretamente ao diretor do Instituto de Saúde, da Coordenadoria de Serviços Técnicos Especializados, da SES. Em 1985, o museu abriu suas portas ao público com um projeto mais definido e três exposições: “O Desinfectório Central: registro de épocas”, “Cem anos da Saúde Pública em São Paulo: aspectos da história da Secretaria de Estado da Saúde” e “Emílio Ribas: o sanitarismo paulista”.
O Decreto n.° 26.774, de 18 de fevereiro de 1987, transferiu o MUSPER do Instituto de Saúde para o Centro de Apoio ao Desenvolvimento da Assistência Integral à Saúde (CADAIS). Dentro da área de documentação e divulgação do CADAIS, foi instituído o Centro Técnico de Preservação da Memória (CTPM), com a proposta de recuperar, preservar e divulgar a memória da SES. O MUSPER faria a guarda da documentação de valor permanente. Na década seguinte, em 1996, o MUSPER e o CTPM foram transferidos novamente, vinculados ao Gabinete do Secretário da SES. Em 2005, o Decreto n.º 49.341 reorganizou os serviços de saúde e transferiu o CTPM para a Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD). Em 2009, um decreto extinguiu o Centro de Preservação da Memória da Saúde Pública, mas o MUSPER continuou existindo como um órgão à parte, ligado ao Instituto de Saúde. Em 2010, o decreto n.º 55.315, de 5 de janeiro de 2010, que altera a denominação da Divisão de Desenvolvimento Cultural do Instituto Butantan, incorpora o MUSPER à instituição, integrando-o aos demais museus.

História arquivística: os documentos foram identificados preliminarmente em 2014, e em 2018 foram estabelecidos os Grupos listados no campo “ mbito e conteúdo” a seguir, e a documentação foi organizada fisicamente, de acordo com essa classificação