História administrativa: a Secretaria de Estado da Saúde de São Paulo (SES/SP) é responsável pela formulação da Política Estadual de Saúde e de suas diretrizes, norteada pelos princípios do Sistema Único de Saúde (SUS). A SES/SP é também responsável pelo planejamento das ações nos Departamentos Regionais de Saúde e pela administração de fundações. Outras atividades são desenvolvidas, como o controle da ocorrência de doenças, controle da qualidade de medicamentos, exames, alimentos, higiene e adequação de instalações que atendem ao público e o controle de endemias no território paulista, estas desempenhadas pela Vigilância Epidemiológica, Vigilância Sanitária e Superintendência de Controle de Endemias (SUCEN). A participação social e o acompanhamento das políticas desenvolvidas são realizados a partir dos conselhos e comissões de saúde.
A Secretaria de Estado da Saúde Pública e da Assistência Social foi criada no dia 28 de junho de 1947. A Secretaria já vinha sendo delineada desde o Decreto n.º 4.917, de 3 de março de 1931, que transformou a Secretaria de Estado dos Negócios do Interior em Secretaria de Estado da Educação e da Saúde Pública. A partir do Decreto n.º 9.247, de 17 de junho de 1938, cria-se o Departamento de Saúde do Estado, subordinado diretamente à Secretaria de Estado da Educação e da Saúde Pública, que assume todos os encargos e atribuições do Serviço Sanitário, extinto por esse decreto. Em 1947, o Decreto- -Lei n.º 17.339 desvincula a Educação da Saúde Pública e a vincula à Assistência Social.
Em 1969, aconteceu uma grande reestruturação na pasta por meio do Decreto n.º 52.182. Tal decreto não só altera o nome da instituição para Secretaria de Estado da Saúde (designação vigente desde então) como imprime uma lógica organizacional que irá permear as reformas administrativas futuras dessa Secretaria: a organização dos serviços em coordenadorias, modelo de organização mantido até os dias atuais. A redemocratização do país e a Conferência Nacional de Saúde, em 1986, impulsionaram o movimento sanitarista no sentido da construção de um sistema único de saúde pautado na descentralização das ações. Tal processo incide numa nova reformulação administrativa, conferida pelo Decreto n.º 25.519 estadual, de 17 de julho de 1986, impactando diretamente nos serviços. Aliados a esse processo, a Constituição de 1988 foi um marco na história da saúde pública brasileira, ao definir a saúde como “direito de todos e dever do Estado”.
Dessa forma, com a finalidade de alterar a situação de desigualdade na assistência à saúde da população, implantou-se o SUS de forma gradual: primeiro veio o Sistema Unificado e Descentralizado da Saúde (SUDS), com a universalização do atendimento; depois a incorporação do INAMPS ao Ministério da Saúde, com o Decreto Federal n.º 99.060, de 1990, e por fim a Lei Orgânica da Saúde n.º 8.080, que fundou e operacionalizou o SUS, por meio do trabalho conjunto e articulado entre o Ministério da Saúde e secretarias estaduais e municipais de saúde. O SUS, conforme estabelecido, tem caráter universal e gratuito e cada nível de governo (federal, estadual e municipal) assume determinadas responsabilidades dentro do sistema.

História arquivística: documentos possuem listagem por amostragem feitas em 1999 e 2014. Mapas e plantas foram identificados em planilha eletrônica específica, em 2015, assim como os documentos de alguns grupos listados a seguir. Clippings e folhetos da assessoria de imprensa foram identificados em planilhas eletrônicas específicas, entre 2018 e 2020. Os documentos da SES foram transferidos ao Museu até 2004, mas a Secretaria de Estado da Saúde continua atuando e produzindo documentos decorrentes de suas atribuições