Em 1891, a antiga Inspetoria de Higiene foi substituída pelo Serviço Sanitário do Estado, que passou a contar com o Serviço Geral de Desinfecção — composto pelo Desinfectório Central, o Hospital de Isolamento e o Serviço de Extinção de Moscas e Mosquitos —, além de uma Seção de Estatística Demógrafo-Sanitária.
O Desinfectório Central de São Paulo foi instalado em um terreno adquirido pelo governo estadual em 1882, localizado no bairro do Bom Retiro. A área fazia parte de uma antiga chácara que deu origem ao nome do bairro e pertencia ao empresário Manfredo Meyer. Parte desse terreno já havia sido ocupada por um sobrado onde funcionou a antiga Hospedaria dos Imigrantes e, mais tarde, um hospital militar ligado à Força Pública.
O engenheiro Sérgio Meira, primeiro diretor do Serviço Sanitário, iniciou a construção do edifício em 1893, sob responsabilidade da Secretaria da Agricultura. Os construtores Paul Rouchi e J. E. Damergue foram contratados por 152:850$000 réis. As obras terminaram no mesmo ano, e o prédio foi inaugurado em 1º de novembro de 1893.
As atividades do Desinfectório começaram com a desinfecção de prédios públicos, residências, ruas e bueiros. O serviço também realizava o transporte de pessoas infectadas por doenças contagiosas para o Hospital de Isolamento e a remoção de cadáveres. Essas tarefas eram executadas pelos desinfectadores, que utilizavam estufas locomóveis, pulverizadores e produtos desinfetantes. O local dispunha de estufas fixas e câmaras destinadas à higienização de roupas e objetos considerados contaminados, com ambientes divididos entre áreas “limpas” e “infectadas”. Nos pátios internos, eram guardadas as carroças usadas nas operações — posteriormente substituídas por veículos motorizados.O Desinfectorio Central tinha o seguinte pessoal: Diretor (Medico), Médicos-Auxiliares, Administrador e encarregado do deposito, Escriturário, Encarregados de Seção, Maquinistas, Foguistas, Porteiro, Desinfectadores de 1.a classe, Desinfectadores de 2.a classe, Zelador de cocheiras, Cocheiros ou motoristas, Serventes (DECRETO N. 2.141, DE 14 DE NOVEMBRO DE 1911)
Em 1925, durante a gestão do médico Geraldo Horácio de Paula e Souza, o Serviço Sanitário passou por uma ampla reestruturação, que resultou na extinção do Serviço Geral de Desinfecção. O Desinfectório Central, o Hospital de Isolamento (hoje Instituto de Infectologia Emílio Ribas Emílio Ribas) e o Serviço de Extinção de Moscas e Mosquitos foram incorporados à Inspetoria da Profilaxia de Moléstias Infecciosas.
Com os avanços científicos e as novas descobertas no campo da bacteriologia pasteuriana, as antigas práticas de desinfecção do ambiente deram lugar a abordagens sanitárias mais modernas. Em 1938, o então diretor do Serviço Sanitário, Raul de Braga Godinho, promoveu outra reforma administrativa que criou o Departamento de Saúde, substituindo o antigo órgão. Entre as mudanças, a Inspetoria da Profilaxia de Moléstias Infecciosas passou a se chamar Seção de Epidemiologia e Profilaxia Gerais, responsável por coordenar campanhas de imunização e o controle de insetos. Nessa época, o combate aos ratos já havia sido transferido para o Serviço Nacional da Peste.
O conjunto documental do Desinfectório Central contém fotografias, ofícios, livros copiadores de ofícios, correspondências e um índice de ruas. As fotografias, divididas em três álbuns e seis avulsas, trazem as instalações e equipamentos, os trabalhadores e aspectos gerais do Desinfectório Central.