História administrativa: até o ano de 1891, a Inspetoria de Higiene era o órgão responsável pela saúde pública no Estado. Este órgão deixou de exercer as suas atividades após a promulgação das leis que criaram e organizaram o Serviço Sanitário no Estado de São Paulo - Lei n.º 12, de 28 de outubro de 1891, e a Lei Estadual n.º 43, de 18 de julho de 1892, respectivamente. O Decreto n.º 87, de 29 de julho de 1892, regulamenta algumas de suas atividades. A legislação citada acima define as atribuições do Serviço Sanitário, subordinado inicialmente à Secretaria do Interior e posteriormente à Secretaria de Estado da Educação e da Saúde Pública (1931). O Serviço Sanitário foi, por 47 anos, o órgão responsável pelas questões relativas à saúde pública, saneamento, prevenção e epidemias, socorros, vacinação, inspeção sanitária, fiscalização de alimentos, exercício da medicina e farmácia, política sanitária, fiscalização de trabalhos de utilidade pública e organização dos serviços de estatística e demografia sanitária. Eram subordinados a ele o Instituto Bacteriológico, Instituto Vacinogênico, Hospital de Isolamento, Laboratório de Análises Químicas, Desinfectório Geral e o Instituto Butantan. A atuação do Serviço Sanitário foi dividida inicialmente em três regiões de atuação: Capital, Campinas e Santos. O primeiro diretor foi Sérgio de Paiva Meira (1892-93). Emílio Ribas assumiu a direção da instituição em 1898, ficando no cargo até 1917, quando assumiu Artur Neiva (1917-20), mais tarde sucedido por Eloy Lessa e José de Arruda Sampaio (1920-22). Em 1922, Geraldo de Paula Sousa tornou-se diretor do Serviço Sanitário, permanecendo até 1927, quando foi substituído por Waldomiro de Oliveira (1927-30). O Serviço Sanitário perdura até 1937, quando houve uma reforma administrativa que criou o Departamento de Saúde, subordinado a Secretaria de Estado da Educação e Saúde Pública, substituindo o antigo órgão, mantendo algumas de suas atribuições iniciais e agregando outras.

História arquivística: documentos possuíam listagem por amostragem e mapeamento topográfico realizados em 1999 e 2014. Em 2016 a documentação foi identificada em planilhas de controle por meio de projeto de pesquisa: “A formação da Saúde Pública em São Paulo: aprendendo com a história”, parte do programa de Cultura e Extensão promovido pela Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo em parceria com o Museu.
Documentos estavam separados por tipologia documental, como livro de ponto, nomeação, ofícios enviados e recebidos e relatórios. Parte dos documentos manuscritos possuem transcrição datilografada anexa ao original. Em 2025 foi realizado um novo diagnóstico do fundo e o processamento extensivo do acervo, à partir da elaboração do quadro de arranjo, baseado na pesquisa da legislação do órgão e de seus organogramas. A documentação foi higienizada, foram feitos novos acondicionamentos e a realização da catalogação das séries documentais. Tipologias como relatórios, publicações, livros de registros (encadernados) e fotografias tiveram sua descrição realizada no nível de item documental.