O Instituto Vacinogênico encarregava-se dos trabalhos de cultura da vacina animal contra a varíola. Estando aparelhado para fornecer a vacina requisitada pelas autoridades competentes. O governo paulista investiu na produção de vacinas como forma de combater a varíola, doença que atingia o estado. Para a produção das vacinas foi construído um prédio que seguia as normas de higiene estabelecidas em região de recente urbanização na cidade de São Paulo, na rua Pires da Mota 35, no bairro do Cambuci. O Instituto Vacinogênico funcionou neste prédio até 1924, quando foi transferido para o Instituto Soroterápico do Butantan. Este Instituto tinha o seguinte pessoal: Diretor (Médico), Ajudante (Médico), Escriturário (3.°) e Serventes (DECRETO N. 2.141, DE 14 DE NOVEMBRO DE 1911). Cargos que foram ocupados respectivamente por Dr. Arnaldo Vieira de Carvalho, o Dr. Alfredo Augusto C. Medeiros, ajudante preparador.
A atuação do Instituto Vacinogênico de São Paulo se deu de 1894 a 1917, quando deixou de ser uma instituição autônoma, sendo anexado ao Instituto Bacteriológico e por fim, em 1925, incorporado ao Instituto Soroterápico do Butantan.
Esta seção é composta por ofícios contendo solicitações, comunicados, remessas, prestação de contas e outros assuntos relacionados ao Instituto Vacinogênico.