Durante as obras de demolição do antigo biotério, em 1978, foram encontrados resquícios do piso, alicerce e uma das paredes do que se acreditava ser a primeira cocheira da fazenda, utilizada como laboratório provisório por Vital Brazil. A partir de relatos de antigos funcionários e documentos fotográficos, iniciou-se o processo de reconstrução do edifício, local onde se instalaria o Museu Histórico do Instituto. De acordo com a documentação, o início do projeto de obra ocorreu em janeiro de 1981, sendo efetuado pela equipe de funcionários e servidores do Instituto Butantan, orientados pelo arquiteto Osmar Antônio Mammini e chefiado por Francisco Capuano, Chefe da Seção de Zeladoria. O Museu foi inaugurado em 11/06/1981, durante as comemorações do 80º aniversário do Instituto Butantan