A Secretaria do Serviço Sanitário, como auxiliar direta da Diretoria-Geral, foi responsável por diversas atividades administrativas e operacionais. Entre suas funções estavam: manter a correspondência com instituições de higiene, tanto nacionais quanto estrangeiras, e fornecee todas as informações relativas às condições sanitárias; organizar a biblioteca e o arquivo; reunir dados para a elaboração de relatórios; processar as contas e despesas da Diretoria-Geral e solicitar os respectivos pagamentos; examinar e registrar as despesas, além de organizar as folhas de pagamento das seções anexas. Competia também à Secretaria adquirir ou alugar móveis, equipamentos e imóveis necessários ao funcionamento da Diretoria; realizar o inventário dos bens móveis e objetos da Diretoria e das seções anexas; manter os protocolos administrativos atualizados; registrar os títulos de médicos, farmacêuticos, parteiras e dentistas; e administrar os atos relativos a nomeações, transferências, trocas de função, exonerações, faltas e licenças dos funcionários da Secretaria, da Diretoria e das seções anexas, incluindo seus registros e termos de compromisso. Além disso, coube à Secretaria conceder licenças para abertura ou transferência de farmácias e drogarias, elaborar editais e certidões, lidar com questões relacionadas ao policiamento sanitário, gerenciar o serviço das instituições assistenciais subsidiadas pelo Estado, redigir o resumo diário das atividades, preparar a correspondência da Diretoria e conduzir os processos referentes a intimações, multas e recursos.
Os documentos integrantes deste conjunto contém assuntos relacionados às atribuições da Secretaria, com tipologias como assentamentos, atestados de frequência, controle de ponto, folhas de pagamento, nomeações, registro de pessoal, livros de protocolo, entre outros. Os documentos tratam de assuntos referentes à gestão dos trabalhadores do Serviço Sanitário, gestão orçamentária e outras questões administrativas.