Os documentos textuais referem-se aos estudos e pesquisas realizados por Lemos Monteiro no desenvolvimento de vacinas para febre amarela e tifo exantemático de São Paulo; possui cadernos com anotações, diplomas e certificados da trajetória profissional de Lemos Monteiro.
Os documentos fotográficos e iconográficos referem-se a imagens de pesquisas realizadas por Lemos Monteiro.

O Fundo é formado por fotografias que retratam o próprio fotógrafo, alguns pesquisadores e a inauguração do busto do Vital Brasil, com a presença de Vital Brazil, Eduardo Vaz e Adhemar de Barros.

Os documentos textuais referem-se a artigos produzidos por Willy Beçak, artigos do Jornal o Estado de São Paulo, cartas enviadas e recebidas sobre a publicação de suas pesquisas na área de genética, recortes de jornais com artigos sobre o Laboratório de Genética do Instituto Butantan, programas, folhetos de simpósios e congressos.
Os documentos fotográficos que compõem o Fundo são formados por fotografias e negativos com imagens microscópicas utilizadas em seus artigos científicos e pesquisas.

Os documentos referem-se a correspondências recebidas, a pesquisas de autoria de Eduardo Vaz, seu trabalho de doutoramento, publicações sobre sua trajetória profissional; documentos relacionados à pesquisa e produção do livro Vital Brazil e sua época; fotografias da inauguração do busto de Vital Brazil no Instituto Butantan, durante a solenidade de sua posse como diretor da organização e de Adhemar de Barros (governador de São Paulo na época), também possui fotografias no Instituto Pinheiros.

Os documentos textuais referem-se às correspondências recebidas e anotações de autoria de Flávio da Fonseca; constam correspondências referentes à morte de José Manoel Ruiz, pois ao que tudo indica ambos trabalharam muito tempo juntos no instituto e eram amigos.
Os documentos fotográficos referem-se a pesquisas desenvolvidas, assim como os documentos iconográficos como ilustrações de ácaros dos desenhistas H. Uhlmann e Aurélio Ferraz Costa.

Os documentos textuais referem-se a atividades desenvolvidas durante a trajetória de Henrique Moisés Canter no Instituto Butantan, como folders, materiais didáticos e documentos de comunicação interna, além de arquivos de natureza externa, como matérias jornalísticas, relacionadas ao próprio Instituto. Já os documentos iconográficos e fotográficos relacionam-se a ilustrações produzidas no Instituto Butantan, além de fotografias sobre eventos realizados na instituição e de personalidades do instituto.

Documentação de natureza jurídica pública, composta por uma série de prontuários de paciente, série de dossiês do departamento jurídico, minuta de ofício, ofício, livro de contabilidade, livro de apontamento, livro de movimento de doentes, boletim diário, índice bibliográfico, recortes de jornal, livro de laboratório, livro de expediente, livro de registro, livro de protocolo, livro de baciloscopia, livro de registro de consulta, livro de controle de gastos, álbuns de fotografias e fotografias avulsas

Documentação produzida acerca das atividades do Departamento de Saúde e de suas pastas subordinadas, como a Divisão do Serviço do Interior (Grupo). Composta por livro ata, livro de prescrição, livro de requerimento, livro de ponto, registro de processos, relatório de atividades, organograma, cartilha, separata referentes à consultoria jurídica, administração de pessoal, Seção de Epidemiologia e Profilaxia Gerais, Instruções para o Serviço de Peste, almoxarifado e combate à desidratação. Relatório, dossiê, fotografias, planta, organograma, projeto, norma, boletim, Decreto-Lei, demonstrativo, orçamento, mapa, memorial descritivo e regimento interno referentes aos planos de construção dos Centros de Saúde, instalação das Unidades Sanitárias do Interior, documentos produzidos durante à direção do Dr. Humberto Pascale, Seção de Estatística e Serviços de Epidemiologia; folhetos, cartilhas e curta- metragens da Seção de Propaganda e Educação Sanitária e da Assistência Geral a Psicopatas, do Manicômio Judiciário, Serviço de Identificação da Secretaria dos Negócios da Educação e Saúde Pública (NESP)

documentação de natureza jurídica pública acerca das atividades do Museu de Saúde Pública Emílio Ribas, subordinado, ao longo de sua existência, a diferentes órgãos da Secretaria de Estado da Saúde.
O Fundo é composto por documentos ligados à criação do museu e tombamento do prédio pelas instâncias de preservação do patrimônio, como decretos, relatórios, propostas e contratos de gestão. Documentos relativos à gestão arquitetônica como laudos, diagnósticos de conservação, relatório de incidentes, propostas, orçamentos e processo de reforma e restauro e plantas arquitetônicas (1976-2014). Documentos ligados à gestão de pessoal, como livro de ponto de ex-funcionários (1979-1984). No âmbito da administração institucional, existem documentos referentes a visitas técnicas, licitações, editais, relatório de atividades e planejamento anual, há também uma série de solicitações de visitas (2008-2014) e livro de presença (1979), lista de presença em atividades e emissão de certificados e clippings sobre o MUSPER com recortes de jornal, revistas (1970-2014) e folhetos de divulgação.
Relativos à atividade museológica, foram produzidos dossiês de exposições, relatórios, convites, textos de produção, pesquisa e referência, orçamentos, propostas e processos administrativos. No âmbito da gestão do acervo, existem requisições, empréstimos, e transferências de bens móveis, relação e termos de doação de acervo museológico, bibliográfico e documental, fichas de controle, inventário e listagens do acervo. Há também fichas de cadastro e inscrição nas esferas nacionais de Museu e Arquivo, como IBRAM e CONARQ, lista de fornecedores, aquisição de material de conservação e fichas de conservação.
Referente à atividade de pesquisa, existem fichas de cadastro de pesquisador, solicitação de pesquisa, carta de cessão de uso de imagem e controle de consulta (2007-2022). E, finalmente, diversos projetos de organização do acervo ou de pesquisa acadêmica desenvolvidos no museu geraram documentos organizados em dossiês, composto por ofício, listagens, diagnósticos e relatórios