Documentação relativa às atividades administrativas do órgão, composta pela documentação da diretoria do Serviço Sanitário e dos órgão subordinados, como o Desinfectório Central (Grupo) e o Serviço Sanitário de Campinas (Grupo), contendo correspondência, ofícios, cartilhas, boletim, atestado de frequência, resumo demográfico, anuário demográfico, registro de pessoal, repertório da legislação sobre o Serviço Sanitário, relatório, livro de atas, registro de títulos de contrato, nomeações e remoções, livro de compromisso, atestado de frequência, ponto do pessoal efetivo, termo de inspeção médica, registro de prédios, livro de desinfecções, livro de atividades, registro de intimações, registro de plantas, ofício, código sanitário, legislação sobre o Serviço Sanitário e fotografias

Documentação composta por séries de livros de registros de farmacêuticos e prático de farmácia, dentistas práticos, optometrista, massagista, médicos, médicos veterinários, enfermeiras e enfermeira obstétrica, auxiliar de enfermagem, parteiras, nutricionista, terapeuta ocupacional e químicos; livros de exames, livros de vistos, livros de alvará, livro de práticos e relatórios de atividade

Documentação de natureza jurídica pública composta por mapa demográfico, relatório, memorando, tabela, notificação compulsória de doenças, circular, ofício, norma, programa, boletim, resumo, proposta, dossiê, legislação, plano, cronograma, rascunho, decreto, resolução, portaria, instrução, execução orçamentária, cadastro, censo diário, deliberação, recorte de jornal, requerimento, inventário, manual, comunicado, correspondência, livro de registro, caderno estatístico, ata de reunião, cartaz, folheto, cartilha, mapa de vacinação, plantas, anuário estatístico, material educativo, ficha de notificação epidemiológica, inquérito epidemiológico e recorte de jornal.
Fitas VHS foram produzidas por empresa contratada pela assessoria de imprensa para coletar diariamente as inserções em TV referentes à SES, fornecendo-as com periodicidade mensal e a partir de 1993, semanalmente.
O Fundo da SES/SP encontra-se ainda em processo de organização. Estão identificados conjuntos documentais referentes à Coordenadoria de Saúde da Comunidade (CSC), a Coordenadoria de Saúde Mental (CSM), a Coordenadoria de Assistência Hospitalar (CAH), Assessoria de Imprensa e o Gabinete: contendo documentação de alguns ex-secretários de Saúde no exercício de suas funções, como: João Yunes, José Aristodemos Pinotti, Otávio Azevedo Mercadante, Valter Pereira Leser e ainda documentos administrativos do Departamento Técnico Normativo (DTN) e do Centro de Informações de Saúde (CIS). Dentre esses conjuntos documentais, existem ainda: itens referentes ao Centro de Vigilância Sanitária (CVE), com uma parcela significativa da documentação relacionada a investigação da doença Febre Purpúrica Brasileira e da Oftalmologia Sanitária, Divisão Regional de Saúde (DRS), os Escritórios Regionais de Saúde (ERSA), o Centro de Vigilância em Saúde (CVS), o Centro de Apoio ao Desenvolvimento da Assistência Integral à Saúde (CADAIS), Hemorede, o Núcleo de Educação em Saúde, Serviço de Saúde Escolar, Departamento de Assistência ao Escolar (DAE), o Centro de Apoio ao Desenvolvimento de Assistência à Saúde Escolar (CADASE), Programa Metropolitano de Saúde e Programa Saúde da Família (Qualis).
A SES/SP também acumulou publicações técnicas da Secretaria de Economia e Planejamento, Sistema Estadual de Análise de Dados (SEADE) dos municípios, Engenharia Sanitária, Departamento de Estatística, do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE), Fundação do Desenvolvimento Administrativo (FUNDAP), do Instituto Butantan, Instituto Pasteur, Instituto de Saúde, Instituto Oswaldo Cruz, Instituto Adolfo Lutz, Instituto Clemente Ferreira, Fundação Rockefeller e Coleção de Leis de Decretos (1928-1953) e Archivos de Hygiene e Saúde Pública (1936-1988)

documentação de natureza jurídica pública acerca das atividades do Museu de Saúde Pública Emílio Ribas, subordinado, ao longo de sua existência, a diferentes órgãos da Secretaria de Estado da Saúde.
O Fundo é composto por documentos ligados à criação do museu e tombamento do prédio pelas instâncias de preservação do patrimônio, como decretos, relatórios, propostas e contratos de gestão. Documentos relativos à gestão arquitetônica como laudos, diagnósticos de conservação, relatório de incidentes, propostas, orçamentos e processo de reforma e restauro e plantas arquitetônicas (1976-2014). Documentos ligados à gestão de pessoal, como livro de ponto de ex-funcionários (1979-1984). No âmbito da administração institucional, existem documentos referentes a visitas técnicas, licitações, editais, relatório de atividades e planejamento anual, há também uma série de solicitações de visitas (2008-2014) e livro de presença (1979), lista de presença em atividades e emissão de certificados e clippings sobre o MUSPER com recortes de jornal, revistas (1970-2014) e folhetos de divulgação.
Relativos à atividade museológica, foram produzidos dossiês de exposições, relatórios, convites, textos de produção, pesquisa e referência, orçamentos, propostas e processos administrativos. No âmbito da gestão do acervo, existem requisições, empréstimos, e transferências de bens móveis, relação e termos de doação de acervo museológico, bibliográfico e documental, fichas de controle, inventário e listagens do acervo. Há também fichas de cadastro e inscrição nas esferas nacionais de Museu e Arquivo, como IBRAM e CONARQ, lista de fornecedores, aquisição de material de conservação e fichas de conservação.
Referente à atividade de pesquisa, existem fichas de cadastro de pesquisador, solicitação de pesquisa, carta de cessão de uso de imagem e controle de consulta (2007-2022). E, finalmente, diversos projetos de organização do acervo ou de pesquisa acadêmica desenvolvidos no museu geraram documentos organizados em dossiês, composto por ofício, listagens, diagnósticos e relatórios

Documentação produzida acerca das atividades profissionais do titular na área da medicina, composta por livros, receita médica, bloco de notas em branco, cartão de visita, carteirinha de seguridade social, carteirinha do centro de saúde da comunidade, fotografias e objetos como mobília, jogo de lentes oftalmológicas, bandeja de procedimentos, porta algodão, esterilizador e bico de chama