Os documentos do Fundo Instituto Butantan representam as atividades administrativas, científicas, culturais, de pesquisa e produção da instituição. Dentro de fundo também há duas coleções iconográficas doadas à instituição.

Documentos textuais: Possuem as seguintes espécies e tipologias, até agora identificadas: comprovantes de pagamento, requisições, processos, faturas, pedidos de soro e seringa, ofícios, memorandos, boletins, atestados, notas fiscais, declarações, fichas de controle sanitário, despachos de encomenda de animais, fichas de controle biológico, folhetos, livros de ponto, cadernos de laboratório, cadernos de campo, relatórios de gestão anual, clippings, artigos, periódicos, tabelas, livro de registro de concentração de soros, organogramas, fluxogramas, ordens de serviço, diplomas, certificados, solicitações de pagamento, processos de concorrência, entre outros.
Entre os documentos mais pesquisados estão as correspondências e ofícios que tratam dos assuntos administrativos internos, contato com os fornecedores de serpentes e outros animais, a atuação científica da instituição internacionalmente e sua relação com a população brasileira em relação à prevenção de acidentes com animais peçonhentos. Os documentos compreendem os anos entre 1900 a 1950.
Outra fonte muito consultada são os relatórios anuais de gestão que são compilados dos relatórios de cada área do Instituto Butantan, reunidos anualmente. Através dessa documentação é possível estudar o desenvolvimento da instituição a partir de suas seções e laboratórios. Os documentos compreendem os anos entre 1901 a 2015.
Um dos conjuntos documentais mais antigos e pesquisados do fundo Instituto Butantan é o acervo do Laboratório de Herpetologia, antiga Ofiologia, existente desde os primórdios desta instituição contém um conjunto de tipologias documentais que abarcam mais de um século de registro de animais vindos para recebidos Butantan, livros de entrada de animais, livros de fornecedores, correspondências, requisições de transporte de caixas, laços, soros e animais que refletem todo o sistema de permuta que ocorre no instituto desde seus primeiros anos, além de manuais de prevenção de acidentes por animais peçonhentos e divulgação.

Documentos fotográficos: Composto por negativos, ampliações fotográficas e diapositivos de imagens com diversas temáticas: encontros científicos, palestras, inaugurações e eventos na instituição; imagens sobre o parque, prédios e laboratórios; antigo clube dos funcionários; imagens de pesquisadores, funcionários e visitantes no Instituto Butantan. Dentro de fundo também a Coleção da exposição Passantes do Butantan composta por fotografias produzidas por Solange Macedo em 1999.

Documentos iconográficos: reúnem os desenhos de diversas espécies de serpentes e outros animais dos ilustradores: Augusto Esteves, Aurélio Ferraz Costa, Olavo Pinto, Robert Kleyer, Delminda Vargas Travassos, Teresa Santos Sarli, Carlos Rudolph Fischer, Luis Godoy, H. Petersen e O. Freua. No fundo há a Coleção Cláudia Sperb xilogravuras produzidas pela artista entre os anos de 1996 e 2014.

Documentos cartográficos: Composto por anteprojetos, croquis, plantas, mapas, memorial descritivo e levantamento topográfico sobre as seguintes áreas do Instituto Butantan: Serpentário, Setor de Vírus e Genética, Seção de Imunopatologia, Fisiopatologia, Zoologia Médica, Hospital Vital Brazil, Biotério, Produção, Biblioteca, conjunto residencial do Butantan, planejamento dos laboratórios, Museu Biológico, “Pavilhão Lemos Monteiro”, Fazenda São Joaquim, Diretoria, Restaurante e prédios da área administrativa e do Parque. Alguns documentos se referem à área que o Instituto Butantan está localizado como a Cidade Universitária (projeto paisagístico), Fazenda Butantan e Conjunto Paroquial do Instituto Butantan “Igreja Nossa Senhora dos Pobres”.

Documentos audiovisuais: Composto por DVDS, VHS e filmes em rolo sobre reportagens sobre o Instituto Butantan; vídeos com temas que interessam a instituição, destaque para os vídeos sobre expedições à Ilha da Queimada Grande; prevenção de acidentes com animais peçonhentos; Instituto Butantan 100 anos; Homenagem a Paulo Vanzolini; Toxinas, entre outros.

Documentos sonoros: Composto por fitas cassetes e CDS com depoimento oral: destaque para as entrevistas de Jairo Mendes (serpentarista), dos funcionários do Hospital Vital Brazil, dos antigos diretores e pesquisadores do Instituto como Dr. Isaias Raw e Willy Beçak em eventos da instituição.

Documentos tridimensionais: Os documentos são compostos por homenagens e prêmios do Instituto broches, placas e medalhas. Destaque para as medalhas de participação do Butantan na exposição industrial de São Paulo de 1917 e 1918 e na Exposição Internacional de Hygiene e 4º congresso médico latino Rio de Janeiro de 1909.